直肠持续疼痛三个月可能是结核病、溃疡性结肠炎、巨球蛋白血症、结肠癌或直肠息肉等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.结核病

结核病是由结核分枝杆菌感染引起的慢性传染病，在机体免疫力低下时可导致肠道炎症和溃疡形成，引起直肠持续疼痛。该病具有传染性，可通过飞沫传播。患者可在医生指导下使用异烟肼、利福平等抗结核药物进行治疗。

2.溃疡性结肠炎

溃疡性结肠炎是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，由于遗传因素和环境因素共同作用导致免疫系统异常反应，进而出现腹泻、腹痛等症状。其主要累及黏膜下层及肌层，病变呈连续性、弥漫性分布。患者需要遵医嘱服用柳氮磺吡啶片、奥沙拉秦钠胶囊等氨基水杨酸类药物来减轻症状。

3.巨球蛋白血症

巨球蛋白血症是骨髓中浆细胞恶性增殖的一种血液系统的肿瘤，当病情发展至晚期阶段时，可能会对消化道组织造成压迫和浸润，从而诱发腹部不适的现象发生。针对巨球蛋白血症所致的腹部不适症状，通常需要配合医生通过化疗的方式来进行处理，常用的化疗方案主要包括环磷酰胺联合泼尼松以及苯达莫司汀联合利妥昔单抗等。

4.结肠癌

结肠癌是指结肠上皮起源的恶性肿瘤，癌细胞侵犯周围组织会引起局部炎症和水肿，导致直肠持续疼痛。此外，还可能伴随排便习惯改变和贫血等症状。手术切除是治疗结肠癌的主要方法，如右半结肠切除术、横结肠切除术等。

5.直肠息肉

直肠息肉是发生在直肠黏膜上的良性肿瘤，当体积增大到一定程度后就会刺激到周围的组织结构，从而引起疼痛的症状发生。对于直径小于1cm且无明显症状的息肉，一般无需特殊处理，定期复查即可；若息肉较大或有出血等情况，则需在内镜下摘除。

建议关注疼痛性质变化，是否伴有其他症状如排便习惯改变、体重下降等。必要时，应进行结肠镜检查以评估结肠及直肠的情况，同时还要注意保持良好的个人卫生习惯，饭前便后勤洗手，以免增加感染的风险。