直肠手术后大便疼痛可能源于术后伤口愈合不良、感染、肛门括约肌损伤等病理机制。

上述提及的病理机制都可能导致术后直肠部位的组织结构发生变化，进而影响到排便过程中的舒适度和疼痛感。当患者在进行排便动作时，会增加对受损区域的压力和摩擦，从而引发或加剧疼痛症状。

如果疼痛持续不缓解或者伴有出血等情况，应立即就医以排除并发性病变的可能性。

术后恢复期间，患者应注意遵循医嘱调整饮食结构，并且要避免食用辛辣刺激性的食物，以免不利于病情恢复。