指甲凹凸不平有小坑可能是维生素缺乏、微量元素缺乏、真菌感染、银屑病或湿疹引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.维生素缺乏

维生素是维持机体正常生理功能所必需的一类低分子有机化合物，当人体长期摄入不足时会导致相关营养素缺乏，进而影响到指甲生长和健康。可通过食用富含维生素的食物如猕猴桃、胡萝卜等来补充缺失的维生素。

2.微量元素缺乏

微量元素参与多种生物过程，包括合成角蛋白。缺乏可能导致角质层发育不良，引起指甲变薄、易碎等问题。可适当通过饮食调整进行改善，日常生活中可以多吃一些菠菜、海带等食物。

3.真菌感染

真菌侵入甲板后，在局部大量繁殖并产生炎症反应，导致甲板增厚、变形，出现凹凸不平的现象。患者可在医生指导下使用特比萘芬软膏、硝酸咪康唑乳膏等抗真菌药物进行治疗。

4.银屑病

遗传因素、免疫因素、环境因素共同作用下诱发银屑病的发生，炎症细胞浸润真皮上部，周围形成以棘细胞层过度增生为特征的丘疹、斑块。患者可遵医嘱外用糖皮质激素药膏进行局部治疗，如卤米松乳膏、糠酸莫米松乳膏等。

5.湿疹

湿疹是由多种内、外因素引起的真皮浅层及表皮炎症，炎症因子刺激皮肤黏膜，会引起瘙痒、红肿等症状，严重时可能会导致指甲受损。患者可以在医生指导下使用他克莫司软膏、吡美莫司乳膏等钙调磷酸酶抑制剂进行治疗。

针对指甲凹凸不平的情况，建议定期观察指甲变化，必要时进行指甲真菌检测或血液微量元素检测。保持良好的生活习惯，均衡饮食，有助于预防指甲问题的发生。