真菌性肠炎的治疗可以考虑抗真菌药物治疗、益生菌疗法、肠道休息、电解质平衡调整、营养支持治疗等措施。

1.抗真菌药物治疗

抗真菌药物通过破坏真菌细胞壁或干扰其生长繁殖来发挥作用。例如氟康唑可抑制真菌细胞膜上固醇合成酶的活性。此方法适用于真菌感染引起的肠炎患者。需密切监测肝功能，避免长期使用以防耐药性的产生。

2.益生菌疗法

益生菌能够竞争性地抑制病原菌附着于肠黏液上皮细胞，并且能促进机体分泌防御素、抗菌肽等免疫调节因子，从而增强机体免疫力；此外还可以刺激巨噬细胞活化，增强机体抗真菌能力。对于存在腹泻症状的真菌性肠炎患者而言，补充一定量的益生菌制剂有助于改善症状。

3.肠道休息

肠道休息可以减少食物对受损肠道黏膜的刺激，有利于炎症消退和消化吸收功能恢复。当患者处于急性期或者有严重腹泻时，为了减轻肠道负担，建议暂时停止摄入固体食物，改为流食或半流食。

4.电解质平衡调整

电解质平衡调整旨在纠正因真菌性肠炎导致的水电解质紊乱，维持体内环境稳定。对于存在脱水或电解质失衡的患者，此措施至关重要，可通过口服补盐溶液或静脉注射进行。

5.营养支持治疗

营养支持治疗旨在提供足够的营养物质以支持患者的康复过程，包括必要的能量和蛋白质。对于需要长期管理的真菌性肠炎患者，营养支持是必不可少的组成部分，可通过口服营养补充剂或管饲给予。

在治疗真菌性肠炎的过程中，患者应保持充足的水分摄入，避免乳制品及高纤维饮食至少至症状缓解，以免加重腹泻症状。