肾结石引起的肾萎缩可以遵医嘱使用排石颗粒、肾石通颗粒等药物促进结石排出，同时还要注意饮食调理。

因为肾结石长时间存在会导致肾盂与肾盏扩张，甚至会引起肾小盏积脓，久而久之就会诱发肾萎缩的情况发生。上述药物能够起到清热利水、通淋排石的功效，有助于促进结石排出，从而减轻对肾脏的影响，有利于病情恢复。但需注意的是，如果肾萎缩症状持续加重，则需要通过经皮肾镜取石术等方式进行处理。

若患者还伴有尿频、尿急等症状时，可考虑服用三金片、盐酸坦索罗辛缓释胶囊等缓解不适症状；对于出现疼痛者，还可配合医生使用双氯芬酸钠缓释片、布洛芬缓释胶囊等止痛药来改善。

在治疗肾结石的同时，应避免摄入高钙食物，如牛奶、豆制品，以减少结石形成的风险。此外，建议定期复查泌尿系统超声或CT检查，监测肾功能变化，以便及时发现并处理可能的并发症。