牙结石被去除后，牙龈下方暴露的血液凝固可能会形成暂时性的黑色沉积物，导致牙龈变黑。

牙结石中可能存在多种细菌及毒素，这些物质会刺激牙龈组织，引发局部炎症反应。当牙结石被移除时，炎症状态下的牙龈组织受到刺激，可能会导致局部微小血管破裂出血，血液凝固后形成黑色的血块，附着在牙龈上，造成牙龈变黑的情况。

如果患者有长期吸烟、嚼槟榔等不良习惯，也可能增加牙龈变黑的风险。因为烟草中的尼古丁和槟榔碱具有一定的色素沉着作用，可使牙龈着色。

因此，在治疗过程中应避免不必要的创伤，并注意口腔卫生，以减少并发症的发生。建议定期到医院进行口腔检查和清洁，保持良好的生活习惯，有助于预防此类问题的发生。