小便时阴茎出血疼痛可能是由于尿道炎、前列腺炎等引起的。

上述提及的疾病都属于泌尿系统疾病范畴，当发生炎症时会导致局部毛细血管破裂，从而引发出血症状。此外，炎症还会刺激周围组织产生疼痛感，导致在排尿时出现阴茎疼痛的情况。

如果患者存在包皮过长或包茎等问题，也可能会因摩擦而导致龟头黏膜破损而引起出血的现象。另外，若患者有外伤史，则可能因为撞击等原因导致阴茎受伤而出血。

日常生活中要注意个人卫生，勤洗澡、勤换洗内裤，以免滋生细菌诱发感染。同时还要注意休息，避免过度劳累，保证充足睡眠，也有助于促进病情恢复。