新生儿一个睾丸阴茎短小，可能是发育不全、隐睾症、先天性尿道下裂等因素导致。建议家长及时带新生儿到医院就诊，在医生的指导下进行相应的治疗。

一、发育不全

如果新生儿只有一个睾丸，可能是因为另一个还没有完全下降至阴囊内，可暂时观察。若3-4个月后还未出现，则为隐睾症，需尽早行手术固定处理。正常情况下男婴出生时，侧各有一个睾丸，并位于同侧腹股沟管内，或者在阴囊内部。而少数男婴会出现一侧没有睾丸的现象，有可能是发育不全引起，属于异常现象，需要进一步检查明确诊断。

二、隐睾症

1.激素不足：由于母体妊娠期间缺乏雄激素或胎儿期接受过多雌激素刺激等，可能会导致睾丸下降动力不足，使睾丸未下降进入阴囊中，表现为新生儿一个睾丸阴茎短小的情况。可以遵医嘱使用注射用醋酸曲普瑞林缓解症状。

2.机械因素：当精索血管穿过提睾肌时，可阻碍睾丸下降，从而造成隐睾的发生。此时可在专业医生操作下行高位隐睾切除术改善病情。

三、先天性尿道下裂

多与遗传、胚胎发育不良等因素有关，会导致阴茎腹侧缺损、尿道开口异常等症状，严重者还会伴有双阴唇、阴囊分裂等情况。一般可通过尿道成形术等方式进行治疗。

除上述情况外，还可能是输精管畸形、睾丸肿瘤等原因所致。日常生活中要注意做好局部护理工作，保持清洁卫生，以免诱发感染。