阴茎短小和硬度差的原因，可能是非疾病因素所导致，如遗传、过度手淫等，也可能是包皮过长、性激素分泌不足、缺乏雄激素、严重肾虚以及慢性前列腺炎等疾病因素所致。

一、非疾病因素

1.遗传：阴茎的大小一般与遗传也有一定的关系，如果父母双方阴茎较小，则生出的孩子也会出现阴茎较小的情况，此时属于正常生理现象。但需要注意的是，孩子在发育期间应注意加强营养，多补充蛋白质，多吃牛肉、鸡蛋等食物。

2.过度手淫：如果男性存在长期频繁手淫的行为，容易导致海绵体供血不足，从而引起阴茎勃起硬度下降及体积缩小，此类人群应该改掉不良习惯，并且可以应用盐酸达泊西汀片、五子衍宗丸等药物改善症状。

二、疾病因素

1.包皮过长：由于阴茎比较私密，平时不注意清洁护理就容易使细菌堆积，而诱发炎症感染，若未及时治疗或反复发作，可能会导致龟头敏感度增加，影响阴茎充血胀大，还可能会影响阴囊部位血液循环，造成阴茎短小、勃起功能障碍等症状。患者应经常用清水清洗局部，也可以使用高锰酸钾进行坐浴，还可以通过包皮环切术进行治疗。

2.性激素分泌不足：如果男性体内内分泌失调，就会导致性激素减少，从而会使阴茎不能得到充分刺激，导致阴茎短小、勃起硬度差等情况发生。此时患者可以在医生指导下服用十一酸睾酮软胶囊、枸橼酸他莫昔芬片等药物进行治疗。

3.缺乏雄激素：如果男性体内缺乏雄激素，就可能导致阴茎发育受到影响，建议到医院检查明确诊断，然后遵医嘱用药，比如十一酸睾酮软胶囊。

4.严重肾虚：中医方面认为，肾脏上行濡养着阴茎，当机体出现严重肾虚时，可导致阴茎无法从肝藏血以维持其勃起状态，进而表现为上述情况，还可伴有腰膝酸痛、乏力、阳痿等症状，患者可在医生指导下服用六味地黄丸、金匮肾气丸等药物进行调理。

5.慢性前列腺炎：由于尿道有细菌滋生，对前列腺部产生刺激，导致前列腺黏膜水肿，引起排尿异常、盆骶疼痛、性功能减退等症状，因此阴茎短小和硬度差也可能由此原因引起。对此需要积极寻找病原菌，在医生指导下应用注射用拉氧头孢钠等药物控制病情发展。

此外，附睾炎、精索静脉曲张、高血压等因素都可能导致阴茎短小和硬度差，建议患者前往男科就诊，完善B超等相关检查后遵医嘱进行针对性处理。