上厕所时包皮过长引起疼痛可能是由龟头炎或尿道口狭窄导致的。

龟头炎是指龟头部由外伤、感染或其他因素引起的炎症反应，当炎症累及包皮内侧时，在排尿时会刺激受损的黏膜，从而引发疼痛感。而尿道口狭窄则是因为先天发育异常或后天创伤等原因导致尿道口径变小，当尿液通过狭窄处时会造成摩擦和压力增加，进而产生疼痛。上述两种情况均属于泌尿系统疾病范畴，需要及时就医以获得专业治疗。

如果患者存在包茎或者包皮过长，并且反复出现包皮龟头炎，则可能需要考虑行包皮环切术来解决根本问题。

在日常生活中，建议男性定期清洗私处，保持局部干燥清洁，避免细菌滋生，降低发生龟头炎的概率。若发现有不适症状，应及时就医诊治。