自然流产5天后仍有咖啡色分泌物可能是由未完全排空的蜕膜组织引起的。

自然流产过程中，部分胎盘组织可能会滞留在子宫内，导致持续出血。此时需要通过超声波检查来确认是否存在残留物，并采取适当的治疗措施，如药物或手术干预。

如果患者在流产后出现腹痛、发热等症状，则可能表明存在感染，需及时就医处理。

建议患者定期监测阴道出血量和颜色的变化，以确保身体恢复正常。必要时，应咨询医生是否需要进一步的药物治疗或手术干预。