三个月宝宝掉头发可能由遗传因素、维生素D缺乏或头皮真菌感染引起。

遗传因素：如果父母存在脱发的情况，可能会通过基因遗传给下一代，导致宝宝出现脱发的现象。这种情况通常属于正常的生理现象，不需要过于担心。

维生素D缺乏：当体内缺乏维生素D时，会导致钙质吸收不足，进而影响头发生长。此时可以适当晒太阳促进自身合成维生素D，也可以遵医嘱使用维生素AD滴剂、维生素D2软胶囊等药物进行治疗。

头皮真菌感染：主要是由真菌侵袭毛囊所引发的一种炎症反应，可导致局部毛发脱落。患者可以在医生指导下使用酮康唑洗剂、二硫化硒洗剂等药物缓解症状。

针对以上几种情况，建议密切观察宝宝的脱发情况，定期检查宝宝的生长发育指标，并在医师指导下进行针对性处理。

若伴有瘙痒、红斑等症状，则可能是脂溢性皮炎所致。可以通过皮肤科医生的专业评估来确定诊断。

针对宝宝掉头发的情况，在日常生活中应注意保持头皮清洁干燥，避免过度梳理或拉扯头发。同时关注宝宝的饮食均衡，确保其获得足够的营养支持头发生长。