月经干净后小腹痛腰酸胀可能是由残留的经血引起的子宫内膜炎或宫颈炎所致。

月经期间子宫内膜脱落排出体外，如果此时宫颈口处于开放状态，可能会导致病原菌上行感染至宫腔，诱发子宫内膜炎或者宫颈炎等疾病。这些炎症反应会导致局部组织肿胀和疼痛，进而表现为小腹痛和腰酸胀的症状。建议患者及时就医进行妇科检查以及相关实验室检测以确定诊断并接受适当治疗。

若患者还伴有阴道分泌物异常、颜色改变等症状，则可能为盆腔炎所引起。另外，月经期未完全排净的血液积聚在子宫内部，也可能引发上述不适症状。

针对月经期间的小腹痛和腰酸胀，应避免过度劳累，注意个人卫生，并保持均衡饮食以促进身体恢复。