细菌性阴道炎的治疗难度较大，主要是由于致病菌株多样性和病情容易反复。

细菌性阴道炎由多种微生物包括多种革兰氏阴性及阳性菌、真菌引起的混合感染所致，因此难以用单一药物覆盖所有致病菌。此外，该病的发病与激素水平变化有关，如月经前后雌激素波动可影响局部防御机制，导致症状加重，进一步增加治疗难度。

细菌性阴道炎的治疗可能需要结合抗生素治疗和改善阴道微生态环境的方法。患者可以在医生指导下使用甲硝唑、替硝唑等抗厌氧菌药以及乳杆菌制剂来调整阴道内菌群平衡。

在治疗细菌性阴道炎的过程中，患者应保持外阴清洁干燥，避免过度清洗或使用刺激性强的洗液，以免破坏正常阴道菌群平衡。