阴茎上有小水泡可能是生殖器疱疹、龟头炎、接触性皮炎等引起的，需要针对不同的病因进行针对性处理。

1. 生殖器疱疹：主要是受到单纯疱疹病毒感染所致，会导致生殖器部位出现水泡、溃疡等症状。患者可遵医嘱服用抗病毒药物进行治疗，比如阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦胶囊等。

2. 龟头炎：多因外伤摩擦、刺激等因素诱发，表现为龟头黏膜发生急性炎症改变，从而引发上述症状。患者可在医生指导下使用克霉唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏等药物缓解不适。

3. 接触性皮炎：若患者对内裤材质过敏，则可能会引起阴茎瘙痒、起水泡等情况的发生。必要时需及时到医院就诊，在医生指导下口服氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等抗组胺类药物止痒。

4. 其他原因：除了上述较为常见的原因外，还有其他因素也可能导致此现象，例如带状疱疹、湿疹等。如果确诊为带状疱疹，可以按医嘱使用炉甘石洗剂、氧化锌软膏等药物减轻瘙痒感。

针对不同病因引起的阴茎有小水泡的情况，应采取个体化方案进行处理。建议患者定期清洁患处，保持干燥，同时避免使用刺激性强的清洁用品。

在排除了感染性疾病后，还应注意是否与局部血液循环不畅有关，如静脉曲张或血栓闭塞性脉管炎等。这些疾病可能通过影响血液回流而导致皮肤组织异常增生，形成类似痘痘样的表现。对于这种情况，患者可通过穿戴弹力袜、戒烟限酒等方式改善病情。

总之，阴茎上的小水泡可能由多种原因引起，因此应谨慎对待，并及时就医以确定具体原因并接受适当治疗。日常生活中，患者要勤换内裤，穿宽松透气性好的棉质内裤，减少摩擦。