子宫肌瘤合并肝囊肿时，应考虑手术切除子宫肌瘤。

子宫肌瘤是一种良性疾病，但如果不及时治疗，可能会影响生育能力和生活质量，因此建议进行手术切除。而肝囊肿通常是良性的，但在某些情况下也需要通过手术来缓解症状或防止并发症的发生。基于上述理由，对于存在这两种疾病的患者，手术切除是一个合适的治疗选择。

如果患者的年龄较大且无生育需求，则可以考虑全子宫切除术以彻底治愈病情。

在处理子宫肌瘤合并肝囊肿时，应注意避免使用可能导致肝脏负担增加的药物，并定期监测肿瘤大小和生长速度。