艾滋病窗口期淋巴结肿大的原因是由于HIV病毒侵入人体后，在血液中形成一定的浓度，刺激机体产生针对HIV蛋白的特异性抗体和细胞免疫应答，引发免疫系统的炎症反应，导致淋巴结肿大。

HIV感染后，机体免疫系统会启动防御机制，包括T细胞介导的细胞免疫应答和B细胞产生的体液免疫应答。这些免疫反应可能导致局部组织的炎症和水肿，从而引起淋巴结肿大。此外，HIV感染还可能导致淋巴细胞增生和活化，进一步加重淋巴结的肿胀。

除了HIV病毒感染外，巨球蛋白血症、非霍奇金淋巴瘤等疾病也可能导致淋巴结肿大。因此，若淋巴结持续肿大超过6个月，即使处于艾滋病窗口期，也需考虑其他潜在病因。

在关注淋巴结肿大与艾滋病窗口期关系的同时，应注意避免不必要的风险行为以预防HIV感染，并定期监测身体健康状况。