除了农药，硝酸盐也是蔬菜中让人担忧的物质。它进入人体后，会被还原成亚硝酸盐，而亚硝酸盐会阻碍红血球携氧功能，摄入过多让人感到疲劳。另外，亚硝酸盐还会与蛋白质分解产物在酸性条件下发生反应，易产生亚硝胺类致癌物。
一般来说，叶菜类是最易残留硝酸盐的农作物，且叶菜类（如小白菜、芥蓝菜、苋菜等）的硝酸盐含量明显高于根茎及瓜果类。
为了减少硝酸盐，可将叶菜类在温水中浸泡10分钟（一斤菜约用6～10公升水，水温维持在43℃～50℃），然后用流水冲洗。研究证实，50℃的温水不会破坏菜中的维生素C及其他维生素。台北市卫生局曾做过实验，发现将叶菜在温水中浸泡10分钟，硝酸盐可去除50％以上，若只用冷水清洗，只能降低10％～15％。
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