沙眼衣原体感染眼睛会导致结膜炎，通常不会自愈。

沙眼衣原体属于一种条件致病菌，当其侵入结膜时会刺激该部位发生炎症反应。这种炎症一般不会自行消退，需要通过药物治疗来清除病原体，否则可能会导致视力受损或其他并发症。因此，如果不进行适当的治疗，结膜炎很可能会加重或转变为慢性疾病。

除了结膜炎外，沙眼衣原体还可能引起角膜炎、泪囊炎等眼部感染性疾病。这些疾病的治疗需使用抗生素眼药水或口服抗生素，以防止病情进一步恶化。

在诊断为沙眼衣原体结膜炎后，应避免用手揉搓患眼，以免传播给他人，并遵循医嘱完成整个疗程的治疗。此外，注意个人卫生，保持环境清洁，有助于减少交叉感染的风险。