衣原体感染夜间咳嗽严重是因为衣原体侵入人体后产生的免疫应答及炎症反应在夜间更为明显所致。

衣原体感染引起的炎症通常会伴随着免疫系统的激活，产生大量的白细胞和炎症介质来对抗感染。这些炎症细胞和介质会在夜间活跃起来，导致呼吸道黏膜充血水肿和分泌物增加，进而引发或加重咳嗽症状。此外，夜间睡眠时呼吸道平滑肌张力降低，容易受到各种刺激因素的影响而出现痉挛，这也可能是夜间咳嗽加重的原因之一。

如果患者存在过敏性鼻炎、支气管哮喘等疾病史，则可能因衣原体感染诱发或加剧上述疾病的病情，从而引起夜间剧烈咳嗽的症状。

针对衣原体感染引起的夜间咳嗽严重，患者可在医生指导下使用阿奇霉素或多西环素治疗衣原体感染。同时，可适当提高室内湿度，并减少吸烟和接触二手烟等刺激性物质，以减轻夜间咳嗽症状。