三个月宝宝大便绿色可能是食物不耐受、乳糖不耐受、感染性肠炎、消化道出血、使用铁剂等原因导致的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.食物不耐受

由于小肠黏膜屏障功能发育不完善，无法有效分解和吸收某些特定的食物蛋白，这些未被消化的食物蛋白进入肠道后会被细菌发酵产生气体和带有胆汁的颜色，进而引起大便颜色改变。母乳喂养的婴儿可考虑使用水解蛋白配方奶粉替代普通配方奶粉；人工喂养的婴儿则可以尝试调整为低敏配方奶粉。

2.乳糖不耐受

由于乳糖酶缺乏或活性降低，无法完全消化奶中的乳糖，导致其在肠道中快速发酵产气并刺激肠蠕动增加，从而出现腹泻、腹胀等不适症状。对于轻至中度乳糖不耐受的患儿，可通过少量多次摄入牛奶来缓解症状。严重者需遵医嘱服用乳糖酶制剂如Lactaid或Digestive Advantage以帮助分解体内剩余的乳糖。

3.感染性肠炎

由病毒、细菌或其他微生物引起的肠炎会导致肠道内环境改变，影响到食物的正常消化吸收，使胆红素经过肠道菌群作用转化为粪胆原，随粪便排出体外，表现为大便颜色变绿。针对不同病原体所致感染性肠炎，其治疗方法各异。例如轮状病毒感染主要通过口服补液盐溶液维持水电解质平衡，诺如病毒感染则需要密切监测病情变化。

4.消化道出血

当发生消化道出血时，血液中的血红蛋白在肠道内被分解，其中的含铁血黄素被还原成硫化亚铁，从而使大便呈现黑色或绿色。对于轻微的上消化道出血，可以通过饮食调理进行缓解，如食用温和的流食或半流食，避免辛辣、油腻食物。

5.使用铁剂

补充铁剂可能会引起消化道反应，导致大便颜色发生变化，因为铁离子与肠道内的硫化物结合形成硫化铁，使得大便呈现深色。如果是因为铁剂使用而引起的大便颜色改变，则应减少剂量或者更换其他类型的铁剂产品。

建议家长注意观察孩子的排便次数和形态是否异常，必要时带孩子到医院做进一步的诊断，比如血常规、大便常规以及潜血试验等，以排除潜在的问题。