感染咽喉部的支原体或衣原体会导致局部黏膜炎症，进而引发咳嗽、喉咙痛等不适症状。

支原体或衣原体侵入咽喉部后，其产生的蛋白分解酶和溶血素等致病因子会损伤上皮细胞，诱发炎症反应。炎症介质如白介素-1β和肿瘤坏死因子α会进一步加剧炎症过程，从而出现上述典型症状。

此外，如果患者存在长期吸烟史，烟草中的尼古丁可刺激呼吸道上皮细胞，引起黏膜充血水肿，增加患呼吸道疾病的风险。

针对感染咽喉的支原体衣原体，不建议盲目使用抗生素治疗，应在医生指导下使用阿奇霉素或多西环素进行针对性处理。患者平时应保持充足的休息，避免过度用嗓，以促进病情恢复。