自然流产干净后阴道有褐色分泌物可能是由子宫收缩不良、子宫内膜炎等原因引起。

1. 子宫收缩不良：自然流产后，如果子宫收缩功能不佳，会导致子宫内膜脱落不完整，从而引起少量出血，血液在阴道内存留一段时间后会氧化成褐色。需要及时就诊进行妇科检查及超声波检查，明确诊断。

2. 子宫内膜炎：若患者在自然流产后未注意个人卫生，可能会增加细菌感染的风险，炎症因子刺激可能导致子宫内膜受损，引起少量出血。可通过血常规、C-反应蛋白检测、B超检查确诊。

3. 宫颈息肉：该疾病是由慢性炎症长期刺激局部黏膜增生所致，当息肉体积较大时，在活动或者接触下容易发生破裂和出血，可表现为点滴状出血。确诊通常需要通过妇科检查和宫颈活检。

4. 子宫肌瘤：主要是由平滑肌细胞异常增生形成的良性肿瘤，随着瘤体增大，会对周围器官产生压迫作用，导致血管破裂而引起出血。确诊一般需要做超声检查、MRI检查以及实验室检查。

5. 荷尔蒙失调：如黄体酮不足，会引起子宫内膜不稳定，进而导致出血。可以通过激素水平测定来确认是否存在荷尔蒙失调。

针对以上几种情况，建议患者及时到医院就诊，完善相关检查，以便明确具体原因，并接受相应治疗。

其他情况还包括卵巢囊肿蒂扭转或异位妊娠等，这些都可能引起阴道出血。因为这些疾病都会导致生殖系统组织受到损伤或压力增加，引起出血。

总之，自然流产后出现褐色分泌物需警惕上述病因，必要时应及时就医以确定是否完全流产及其并发症。日常生活中，女性要注意休息，避免剧烈运动，保持外阴清洁干燥，以免引起感染。