肛瘘手术后会有一定的刺痛感，一般情况下会在术后1-2周内逐渐减轻直至消失。

由于肛瘘手术需要切开或切除受损的肛门组织，因此会导致局部伤口产生一定程度的炎症反应和组织损伤，从而引起疼痛感。这种疼痛感通常会随着伤口愈合而逐渐减轻，一般在1-2周内恢复正常。如果疼痛持续时间过长或者疼痛程度过于剧烈，建议及时就医咨询专业医生的意见。

此外，患者还可能出现发热、脓性分泌物增多等感染征象。这可能是由于手术过程中细菌进入伤口引起的继发性感染所致。

术中应尽量减少菌量以降低术后感染风险，同时注意观察术后症状变化，以便及时发现并处理异常情况。