输尿管结石碎完肾还疼可能与输尿管残留结石、输尿管损伤、继发感染有关。

输尿管残留结石是指输尿管内的结石未能被完全粉碎或排泄，仍存在于输尿管中，继续刺激输尿管壁，引起疼痛。输尿管损伤可导致局部炎症反应和水肿，增加输尿管对刺激的敏感性，从而引起疼痛。此外，如果输尿管结石碎石过程中造成一定的组织损伤，可能会诱发疼痛症状。

患者可能存在输尿管狭窄或者堵塞，这可能导致碎石后的尿液排出不畅，进而引发持续性的肾部不适感。这种情况需要及时处理以防止进一步的肾脏损害。

在治疗输尿管结石的过程中，应密切监测肾区疼痛的变化，并定期复查以评估病情恢复情况。若疼痛加剧或伴有发热等症状，则需立即就医以便进行适当的诊断和治疗。