沙眼衣原体感染引起的疼痛因人而异，通常取决于感染部位、严重程度和个人敏感性。

沙眼衣原体感染时，致病微生物在局部繁殖，产生毒素刺激周围神经末梢，引发疼痛。这种疼痛可能因为感染部位不同而有所差异，例如结膜炎可能导致眼部不适，而尿道炎则会引起排尿时的灼热感。此外，个人对疼痛的敏感度以及是否伴有其他并发症也会对疼痛感受产生影响。

若患者存在慢性疾病或免疫功能低下，可能会延长疼痛持续时间，增加治疗难度。

在诊断为沙眼衣原体感染后，应遵医嘱使用抗生素治疗，并注意个人卫生，避免接触传染源，以减少病情进展和传播风险。