剖腹产时发现输卵管囊肿需要及时手术切除。

输卵管囊肿是由于输卵管黏膜上皮过度增生引起液体积聚而形成的一种病变，通常需要通过手术切除才能有效解决。如果不及时处理，囊肿可能会继续增大甚至破裂，导致严重的并发症如感染、出血等。因此，对于确诊为输卵管囊肿的患者，应尽快接受专业医生的评估和治疗。

如果囊肿较大或存在扭转等情况，则可能需要在剖腹产后同时行患侧附件切除术。

术后需注意伤口护理，避免剧烈运动，以减少术后并发症的风险。