衣原体感染自然流产主要是由病原体直接作用于子宫内膜，导致局部组织受损而引发的一种不良妊娠结局。

衣原体感染可导致生殖道黏膜出现炎症反应，使子宫内膜环境发生改变，不利于胚胎着床和生长。此外，感染后产生的炎性因子、细胞因子等会进一步刺激子宫内膜，加重炎症反应，促进免疫细胞浸润，这些都可能对胚胎造成直接或间接的伤害，从而增加自然流产的风险。

若孕妇在孕期发现衣原体感染，应尽快就医接受专业治疗，以减少自然流产风险。

预防衣原体感染对于保护母婴健康至关重要，可通过保持个人卫生、避免与感染者密切接触以及使用安全措施来降低感染风险。