男性小便时尿道有疼痛流脓，考虑是泌尿系感染性疾病，如尿道炎、膀胱炎等，也可能存在前列腺炎的情况。

上述疾病主要是由于致病菌侵袭尿道及周围组织引起炎症所致，典型表现为尿频、尿急、尿痛以及尿道口分泌物增多。患者可到医院进行尿常规、尿培养及药敏试验等检验，以便明确诊断并接受适当治疗。

如果患者还伴有发热、寒战等症状，则可能是急性肾盂肾炎或附睾炎导致的。这些疾病的病因不同，但都可能导致尿液异常，因此需要进一步检查以确定具体原因。

在面对男性小便时尿道出现疼痛与流脓的症状时，应避免自行使用抗生素药物，以免延误病情或加重感染。同时还要保持良好的个人卫生习惯，多饮水促进排泄。