阴茎短小针灸治疗的穴位较多，常用的有命门穴、肾俞穴、关元穴等。阴茎短小是指成年男性阴茎疲软时长度小于5cm，勃起时长度小于8cm者称为阴茎短小。引起的原因有很多，如遗传因素、肥胖、性激素分泌不足等，建议患者及时就医，在医生指导下进行针对性治疗。

一、主穴

1.命门穴：位于脊柱区，第2腰椎棘突下凹陷中，后正中线上，该穴位主治生殖系统疾病，如阳痿、早泄、遗精、尿频、尿失禁、阴茎短小等。

2.肾俞穴：在第二腰椎棘突下压腰部两侧髂嵴最高点连线的中外1/3交界处，该穴位具有温补肾气的功效，可用于治疗肾虚导致的阳痿、早泄、遗精、不射精、少精症、无精症、不孕症、痛经、闭经、功能性子宫出血、阴茎短小等。

3.关元穴：在脐下三寸，前正中线旁开0.5寸，该穴位具有培元固本、补益肾脏、温养胞宫、暖和离宫的作用，主要用于治疗女性月经不调、带下、不孕、阳痿、早泄、遗精、尿频、尿失禁、阴茎短小等病症。

二、配穴

1.足底涌泉穴：位于足底部，蜷足时脚心最凹陷的地方，该穴位具有滋阴益肾、平肝熄风、通络止痛的功效，常用于治疗神经衰弱、高血压、失眠、健忘、阳痿、遗精、不育、小儿抽搐、咳嗽、阴茎短小等病证。

2.曲池穴：位于肘横纹桡侧端，肱骨滑车近头端与肱骨外上踝峰点连线的中点，该穴位具有清热解表、祛湿止痒、泻热行滞、理气宽胸、舒筋活络的功效，常用于治疗肠炎、胃脘痛、肩关节周围炎、肘部损伤、阳痿、遗精、阴茎短小等病证。

3.太溪穴：位于足内侧，踝尖与跟腱之间凹陷处，该穴位具有滋阴降火、壮阳强腰、明目退翳的功效，常用于治疗头晕耳鸣、阳痿、遗精、不孕、月经不调、尿路结石、阴茎短小等病证。

4.照海穴：位于足内侧缘，足舟骨粗隆下方凹陷中，该穴位具有清肺凉血、引赤降逆、清利咽喉、明目、安神定志的功效，常用于治疗月经不调、崩漏、阳痿、遗精、阴茎短小、癫狂痫、喉痹、咽峡肿痛等病证。

以上是主要治疗阴茎短小的穴位，此外还有委中穴、承山穴、昆仑穴、太冲穴、三阴交穴、水沟穴、龟头部的灵道穴等多个穴位也可辅助缓解症状。阴茎短小除通过针灸治疗以外，还可以通过药物或手术方式进行改善。