功能性卵巢囊肿症状往往不特别明显，而且功能性卵巢囊肿可以自行消失，如果检查的时候发现卵巢囊肿生长非常迅速，比如在2到3个月左右持续生长，此时应当考虑是否是卵巢囊肿已经癌变。功能性卵巢囊肿经常会在女性来月经的时候消失，月经过后囊肿又会出现，会导致女性月经失调，或者囊肿发生扭转的时候病人感觉下腹部特别疼痛，还有可能感觉恶心且伴随呕吐。
功能性卵巢囊肿容易导致女性容颜早衰，因为这种卵巢囊肿影响卵巢的雌激素分泌，甚至有可能导致卵巢功能破坏，导致不能正常分泌雌激素，进而导致女性内分泌失调，使得女性容颜快速老去。
功能性卵巢囊肿患者流产的概率大大上升，并且容易导致难产。功能性卵巢囊肿女性如果怀有身孕，则囊肿容易对胎儿造成挤压，从而导致胎儿发育空间减小，还会导致胎儿营养不良。
有少部分功能性卵巢囊肿患者会感觉到肩膀疼痛，除此之外这种疾病并没有什么更为典型的表现。功能性卵巢囊肿影响女性生育功能，这种囊肿对卵巢正常功能有破坏，从而导致女性受孕的几率下降。
女性患有功能性卵巢囊肿之后身体抵抗力会慢慢下降，这个时候卵巢容易遭受感染，从而容易引发各种妇科炎症，比如附件炎、盆腔炎以及子宫内膜炎等。
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