对于头颈癌的治疗，器官的保守治疗以保持功能和外观。眼睛、视神经和中枢神经系统等复杂结构靠近颅底以及鼻腔和鼻旁腔。由于质子治疗可以降低对这些关键结构的辐射剂量，因此传统上质子治疗比X射线更适合头颈癌。2013年日本头颈癌指南提到质子治疗可作为治疗鼻腔和鼻旁腔以及颅底病变的一种新选择。

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