对27例接受过至少两个PT疗程的HCC患者进行回顾性分析发现，PT再程照射5年OS率为%。疗程和第二疗程的中位剂量分别为62 Gy和66 Gy，5例患者出现3+级毒性，其中两例为急性肝功能衰竭。根据毒性特征，研究人员观察到PT再程照射对周围肿瘤患者和Child–Pugh A级患者更安全。更进一步研究显示，对肝脏进行多达四个疗程放射治疗的83例患者接受了 GyE的中位总剂量，5年OS率为%，无RILD病例报告。HCC合并门静脉肿瘤血栓形成(PVTT)是一个已知的不良预后因素，并且一些报告已将质子治疗视为一种可能有效的治疗方式。有研究在12例肝肿瘤合并PVTT患者采用质子治疗50~72 Gy，显示5年PFS率为24%。另一研究报道了类似的5年LPFS率为20%，并指出那些血栓形成对放射有反应的患者生存率提高。其他研究组进一步显示了PVTT反应的预后价值。在一项研究中，与那些对放射无反应的人相比，对放射有反应的人被证明有更高的1年LPFS和OS率，分别为%和80%。HCC也可能与下腔静脉血栓形成有关，3例下腔静脉血栓形成患者在接受PT后存活超过1年。在近的一项分析中，21例下腔静脉血栓形成的HCC患者的1年、2年和3年OS率分别为62%、33%和19%。一项前瞻性研究也证明了质子治疗在血管血栓形成患者中的可行性。在近的一项系统评价和荟萃分析中，与CRT或SBRT相比，包括质子在内的粒子治疗可显著提高1年OS率。

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