对于男性尿道深处有疣体，可以通过药物治疗、手术治疗、物理治疗等方式进行治疗。除此之外，在治疗期间建议做好卫生护理，有助于疾病恢复。

1、药物治疗：男性尿道深处有疣体，通常是人乳头瘤病毒感染引起，可以在医生的指导下外用咪喹莫特乳膏、重组人干扰素α2b凝胶等药物进行治疗。对于不适症状较为明显的患者，还可服用盐酸伐昔洛韦片、转移因子胶囊等药物进行治疗;

2、手术治疗：若疣体较大或者使用药物治疗效果不佳，可以选择进行手术治疗，如尿道内镜下切除术等，能够直接将疣体切除;

3、物理治疗：除了药物和手术治疗之外，临床上也可进行物理治疗，常用激光治疗，激光能够通过强脉冲光能量，对局部进行烧灼，然后再将组织气化或者碳化，从而达到治疗效果。此外，还可以选择液氮冷冻，将疣体去除。

因为人乳头瘤病毒具有一定的传染性，可通过性接触、间接接触等方式进行传播，故治疗期间应禁止性生活，以免引起交叉感染。同时注意饮食清淡，忌食辛辣、刺激性食物，多吃新鲜的蔬菜、水果，积极锻炼身体，提高机体免疫力，有助于疾病恢复。

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