随着技术的发展，癫痫已经不再是单纯的药物治疗，而是一种可以通过手术来治疗的疾病。
癫痫手术是针对耐药性癫痫患者，在合理选用并已给予足够剂量的两种药物（单一或联合）治疗后，仍然不能有效控制其发作的情况。通常情况下，“责任病变”是可以通过核磁共振、PET-CT、 EEG等影像学检查来确定的。这些病灶可能是先天的，也可能是后天的，可能是单一的，也可能是多个。
与癫痫有关的病变主要有：脑肿瘤（各种发育性肿瘤，脑胶质瘤、脑膜瘤、转移瘤等），脑外伤后软化灶，大脑缺血缺氧性改变，出生时维生素 K缺乏造成的病灶，脑血管性病变（动静脉畸形、海绵状血管瘤、脑缺血后软化灶、脑面血管瘤等），脑内寄生虫改变，颞叶内侧结构硬化，先天性皮质发育不良（灰质异位、局灶性皮层发育不良、脑裂畸形、半球巨脑症等）。
即使是在 SEEG (Selectrode Electronics， SEEG）出现以前不能治疗的结节状硬化症，现在也可以用 Selectrode Electrode定位来治疗。
一般情况下，当大脑出现病变，药物治疗无效时，可以通过手术进行治疗。虽然核磁检查没有发现任何异常，但3 T核磁检查后，也能发现微小的病灶，然后与 PET相结合，就能找到病灶，不过这种情况还得由癫痫专家进行详细的术前评估才能发现，因此，对于药物治疗效果不理想的患者，尽量是通过评估会诊来决定能否进行手术，避免延误病情，导致智力发育滞后，生活质量降低。
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