难治性癫痫的一个原因是在大脑和脑中发现了难治性癫痫灶。 此类癫痫灶包括脑肿瘤、血管疾病、炎症或外伤后后遗症，如软化灶、胶质增生、疤痕等。这些病变是药物治疗无法消除的，所以药物治疗的效果并不理想，使得癫痫更加顽固，难以治疗。
第二种与遗传有关，如严重癫痫性脑病、婴儿痉挛症等，涉及基因改变，属于难治性癫痫。 另外，涉及到病因，有明确的病因，无法通过其他手段解决，比如药物治疗。所以现在并不是每一项检查都能发现这些病因，有的患者是查不到的，表现为顽固性癫痫。 所以难治性癫痫的原因有很多。
难治性癫痫是由多种原因引起的脑神经疾病引起的临床症状。 例如，脑炎、遗传性疾病、外伤和术后肿瘤患者可能患有顽固性癫痫。当然也不排除个别患者没有找到明显的原因。 这类患者的临床症状主要是突然发作和反复发作，通过口服药物治疗很难控制得很好。
对于难治性癫痫患者来说，往往是因为中枢神经系统严重受损，或者大脑多个部位出现异常放电。这些患者没有得到及时治疗，也没有规范用药，所以随意停药、换药或减量。患者平时日常生活当中也没有注意，长期抽烟喝酒，患者又没有注意保养，平时经常存在感冒受凉，并且存在营养不良，这些患者就容易出现难治性的癫痫。
对于这类患者，目前单纯药物治疗效果并不好。如果这些患者的经济条件允许，可以通过手术或神经调节治疗，可以改善癫痫的症状。
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