子宫内膜异位症发生时，异位的内膜组织同样受卵巢激素影响而出现增生、分泌、出血等周期性改变，而由于异位子宫内膜出血不能引流而刺激周围组织，故可引起子宫收缩而导致痛经。
需要注意：子宫内膜异位症引起痛经的疼痛程度与病灶大小并不一定成正比。如较大的卵巢子宫内膜异位囊肿可能疼痛较轻，而散在于盆腔腹膜上小的结节病灶反而可导致剧烈疼痛。
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