巧克力囊肿的治疗方法，需要根据囊肿的大小以及患者是否合并有盆腔子宫内膜异位症，甚至有直肠子宫内膜异位症等并发症，患者有没有生育要求、患者的年龄来决定治疗方案，具体如下：
第1、对于有生育要求的，巧克力囊肿不大，只是表现为单纯的巧克力囊肿，腹腔其他地方没有明显的病灶的患者，可以用药物来缓解痛经的症状，比如布洛芬等药物，控制症状以后，尽早怀孕解决生育要求。怀孕本来也可以让子宫内膜异位症的巧克力囊肿缩小甚至萎缩，也可以达到治疗的目的。
第二、如果对于年龄偏大的，已经有了孩子解决了生育要求的，囊肿已经侵犯了身体的其他的部位，比方盆腔、腹膜、直肠甚至膀胱等地方也有子宫内膜异位症病灶的时候，就要进行手术，也就是进行子宫以及双侧卵巢切除，来治疗巧克力囊肿。
第三、对于单发的巧克力囊肿，囊肿直径超过五厘米，可以直接进行囊肿剥除术。
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