有一部分夫妻明明该查的都查了，可就是找不到不孕的原因，医生常常会以“不明原因不孕不育”来解释，其实医学也是在慢慢的进步之中，许多以前没发现的病因经过科学的发展会慢慢被发现。
原因不明性不孕症是指夫妇有正常性生活，女方有排卵，经妇科检查及全面检查未发现异常，男方精液及其他检查亦均正常，但两年以上未怀孕者。也就是说双方均未查出与不孕有关的原因。
据报道，原因不明性不孕的发生率约占不孕症的10％。
其实大部分原因不明的不孕夫妻可能是免疫性不孕。目前已知的致病性抗体有抗精子抗体、抗卵巢抗体、抗子宫内膜抗体、抗人绒毛膜促性腺激素抗体、抗心磷脂抗体以及抗透明带抗体等。
另外，不良的宫颈分泌物影响、子宫内膜对早期胚胎的容受性差、输卵管蠕动功能不良、输卵管伞端拾卵功能缺陷、黄素化不破裂综合征、轻微的激素分泌异常（如黄体功能不足）、精子和卵子受精能力受损、轻度子宫内膜异位症、腹膜巨噬细胞功能异常及腹腔液中抗氧化功能受损等都可能导致不孕症。
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