一般情况下，部分巧克力囊肿患者是可以怀孕的。在临床当中，巧克力囊肿也叫卵巢子宫内膜异位症囊肿，属于子宫内膜异位症的一种。子宫内膜异位症患者有30-50%的可能会合并有不孕。
这主要是由于子宫内膜异位症，可能会影响女性的盆腔内环境，影响输卵管功能，影响卵巢的排卵功能，终导致不孕。
所以说巧克力囊肿患者可以自然怀孕，但是怀孕的几率以及合并不孕不育的几率会比正常女性高。
假如长时间不孕，并且考虑是由子宫内膜异位症导致的不孕，建议手术后再怀孕。建议女性定期在医生的指导下进行妇科检查。
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