对于重度内异症导致不孕的原因较好理解，可能由输卵管、卵巢及周围粘连，盆腔解剖结构的改变所引起，而轻度的情况则更多的倾向与内分泌改变、免疫因素、腹腔内环境和胚胎着床障碍有关。
由此可见，在繁杂纷纭的原因中，输卵管功能的失调并不是唯1的导致不孕的原因，这也可以有解释，为什么有的内异症患者输卵管(通畅)，却仍然不孕！
因此，子宫内膜异位症引起不孕的原因是多方面的，应该个体化对待，选择合适的治疗方案。
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