治疗尖锐湿疣的药物有很多种，有静点药、局部注射药，或者口服药和外用药。治疗尖锐湿疣以抗病毒为主，如果要是静点，可以静点更昔洛韦注射液，口服药有抗病毒的盐酸伐昔洛韦颗粒、阿昔洛韦片，问诊卫星 jrsy58或者泛昔洛韦胶囊等。可以用提高免疫力的药物，像转移因子胶囊、胸腺蛋白口服液。
此外，还有外用药物，像5%的咪喹莫特乳膏、%的鬼臼毒素酊、5%的氟尿嘧啶软膏等。疣体去除后可以局部外用重组人干扰素α2b凝胶，如果疣体反复发作，可以疣体基底部注射干扰素注射液，效果特别好。
尖锐湿疣的致病微生物是乳头瘤病毒，所以在治疗期间应该以抗病毒治疗为主，可以用抗病毒的药物，像盐酸伐昔洛韦颗粒、溶菌酶肠溶片、泛昔洛韦胶囊、阿昔洛韦片等。
此外，还可以用提高免疫力的药物，像转移因子胶囊、牛脾肽口服液。如果女性合并有阴道炎和宫颈糜烂，还需要抗炎药物和治疗厌氧菌感染的药物，可以口服头孢或者甲硝唑。所以尖锐湿疣治疗期间应该以抗病毒治疗为主，还可以用提高免疫力的药物和抗炎的药物。
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