常染色体遗传和伴性遗传的区别在于基因型不同、疾病不同。
1、基因型不同
伴性遗传是指同一种生物的不同基因型或不同位点所致的遗传病，而常染色体遗传是指受遗传基因影响的亲子都会表现出这种遗传特征。伴性遗传疾病的特点是在同一家族内，连续传递一代，且其后代常发生同样的病变，而对后代的遗传性别则必然会发生改变。常染色体遗传的疾病有白化病、苯丙酮尿症、先天性聋哑等，而常染色体隐性遗传病则较少见。
2、疾病不同
染色体遗传病只包含一种疾病，即性染色体遗传病，而常染色体遗传病则除包含一种疾病外，还包括的疾病有很多，如地中海贫血、精神分裂症、阿尔兹海默病等。常染色体遗传病的病变部位在人体的染色体上，而常染色体遗传病的病变部位在人体的基因上。
如果夫妻双方或者有一方出现基因遗传病，在怀孕之前建议夫妻双方做好孕前检查，以便确认是否会影响胎儿，如果是患有遗传病的患者，建议在医生的指导下决定是否要进行胎儿的基因检查，避免因胎儿基因异常而导致出现遗传病或者胎儿畸形。