黄芩与黄芪虽名称相近，但外观特征存在明显差异，通过仔细观察可有效区分。两者在根茎形态、色泽及表面纹理上各具特点，掌握这些要点即可避免混淆。

黄芩根条多细长，表面呈棕黄色或深黄色，质地相对坚硬，常有扭曲的纵向皱纹及不规则分支。其断面颜色为黄色或黄绿色，质地脆，易折断，纤维结构不明显。黄芪则根条粗壮，表面淡棕黄色或淡黄棕色，纵皱纹更为规整且明显，质地韧而不硬。断面呈黄白色，纤维性强，常见放射状纹理，俗称菊花心。从颜色深浅和纹理形态上，两者可初步区分。

气味也是重要鉴别点。黄芩气微，味苦，持久性较弱；黄芪具豆腥味和甘香，气味浓郁。若手触表面，黄芩相对平滑，而黄芪因纤维多，手感略粗糙。

此外，水试法可辅助鉴别。黄芩泡水后，水液常呈黄绿色，略显浑浊；黄芪水浸液为淡黄色，清澈透明。通过这些外观与物理性质的系统对比，可准确分辨黄芩和黄芪，确保药材选择正确。