自然流产三个月没来例假可能是内分泌失调、子宫内膜炎、多囊卵巢综合征等原因引起的，需要针对不同的病因选择合适的治疗方案。

1. 内分泌失调：由于体内激素水平紊乱，影响了正常的月经周期，进而出现上述症状。可以遵医嘱使用戊酸雌二醇片、黄体酮胶囊等药物调理。

2. 子宫内膜炎：炎症因子刺激子宫内膜，引起局部充血水肿，导致脱落不全，从而影响月经来潮。可配合医生采用阿奇霉素分散片、盐酸左氧氟沙星胶囊等抗生素类药物控制感染。

3. 多囊卵巢综合征：该疾病会导致雄激素升高，抑制卵泡发育成熟，继而导致无排卵，停经现象的发生。患者可在医生指导下服用炔雌醇环丙孕酮片、醋酸甲羟孕酮片等药物改善不适。

4. 其他原因：如高泌乳素血症、甲状腺功能减退症等，也可能会对月经产生影响，需针对原发病进行针对性处理。比如高泌乳素血症患者可遵照医生的意见使用甲磺酸溴隐亭片、维生素B6片等药物降低催乳素水平。

针对未规律月经的情况，应定期监测尿妊娠试验或进行超声检查，以确保未再次怀孕，并排除其他潜在的生殖系统问题。同时还要保持良好的生活习惯，保证充足的睡眠时间，有利于维持正常的内分泌状态。

如果女性在流产后进行了人工流产手术，则可能会影响身体恢复和正常生理周期，导致月经推迟。这是因为人工流产手术会对子宫内膜造成一定的损伤，需要一定的时间才能恢复正常。

建议女性在自然流产后注意休息，避免过度劳累和精神紧张，以免影响身体恢复和月经调节。若长时间未能恢复正常月经周期或其他不适症状，应及时就医进行详细检查和诊治。