尿道一开始痛后来流脓可能是淋病奈瑟菌感染所致。

淋病奈瑟菌感染可导致尿道炎症，炎症刺激尿道黏膜，引起排尿时疼痛及分泌物流出的症状。若不及时治疗，淋病奈瑟菌进一步扩散，还可能导致更严重的并发症，如前列腺炎、附睾炎等。因此，建议患者进行性健康检查，并遵循医生的指导接受相应的抗生素治疗。

如果症状持续超过24小时或伴有发热，则可能为非特异性尿道炎。这种情况下，除了使用阿奇霉素外，还需要结合头孢克肟胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊等药物控制感染。

在诊断尿道炎后，应避免过度活动以减少尿液刺激，同时保持良好的个人卫生习惯。患者还要多喝水，促进细菌排出体外，有利于病情恢复。