衣原体不会轻易入侵人体细胞，但在一定条件下，如免疫功能低下或其他疾病状态下，可能增加其侵入大脑的风险。

衣原体主要通过与未感染者细胞表面受体结合进行侵袭。在某些情况下，该过程可能会误将某些细胞视为目标，包括大脑中的细胞，从而可能导致感染。此外，当机体免疫力下降时，无法有效抵御衣原体的入侵，此时衣原体更容易突破黏膜屏障，经淋巴系统到达中枢神经系统，引起感染。

脑部感染还可能是由病毒、细菌或真菌引起的。这些病原体可以通过血液循环或直接侵犯进入大脑，导致炎症反应和组织损伤。

预防衣原体感染的关键是保持良好的个人卫生习惯，尤其是在有性接触的情况下要使用安全套。对于存在感染风险的人群，定期进行健康检查也是十分必要的。