去除牙结石后牙齿变黑可能是因为牙髓炎、牙周炎等疾病因素导致的。

上述疾病可能会引起牙龈红肿、出血等症状，并伴随疼痛、咀嚼困难等情况发生，从而影响到牙齿的颜色。患者需要及时就医，在医生指导下通过超声波洁治术、根管治疗等方式来改善病情。

除了上述原因外，如果在去除牙结石的过程中操作不当，可能导致牙齿受到损伤或感染，进而出现黑色素沉积等问题。此外，如果不注意口腔卫生，食物残渣残留也可能加剧牙齿着色。

因此，建议定期进行口腔清洁，避免食用色素较重的食物，并减少吸烟和饮酒等不良习惯，以维护良好的口腔健康。若发现牙齿颜色异常变化，应及时咨询专业牙医进行诊治。