新生儿感染衣原体肺炎主要是由衣原体入侵所引起的急性呼吸道传染病。

衣原体侵入人体后，在宿主细胞内繁殖，产生毒素和酶类物质，损伤组织器官，引起炎症反应。该病具有一定的传染性，可通过空气飞沫传播，因此需采取有效的隔离措施以防止交叉感染。

在个别情况下，新生儿衣原体肺炎可能与母体垂直传播有关，即母亲通过胎盘将病原体传给胎儿。

围产期保健中应包括预防衣原体感染的教育，并建议孕妇定期接受检查以及及时治疗，以降低新生儿感染的风险。