36天婴儿衣原体感染需要及时就医。

衣原体感染在新生儿中可能导致严重的并发症，如结膜炎、肺炎等，因此必须由专业医生进行诊断和治疗。此外，早期识别和治疗可以减少潜在的长期健康影响。

如果患儿出现呼吸急促、发热或咳嗽等症状，则可能是衣原体感染引起的下呼吸道感染。此时，家长需带孩子到医院就诊，并完善血常规检查、X线检查以明确病情严重程度。

对于36天的衣原体感染婴儿，应密切监测病情变化，避免使用未经医生指导的抗生素，以免引起耐药性。同时，建议采取良好的个人卫生习惯，如勤洗手，以降低传播风险。